薄膜蒸发器和短程分子蒸馏设备的结构不同也导致了不同的工艺性能表现，具体如下：

　　短程分子蒸馏设备可以达到0.001mbar(0.1Pa)的操作压力，而薄膜蒸发器可以达到的操作压力为1mbar(100Pa)。

　　这是因为短程分子蒸馏设备的内置冷器冷凝了大部分的气态轻组分至液态，能排出气态轻组分所产生的蒸汽压，也就是说，没有什么压力降。所以短程分子蒸馏设备内可以达到这样的操作压力。

　　而薄膜蒸发器的气相要经过一个气相管口进入外冷器，在气相管口处，会产生较大的压力降，也就是说薄膜蒸发器内的蒸汽压力会较高，可达到1mbar。

　　所以， 短程分子蒸馏设备比较适合热敏性物料或高沸点物料的蒸馏，可以大大减少组分的沸点。

　　但短程分子蒸馏设备也有其局限性，由于有内置冷凝器，刮膜转子没有办法加底部轴承，刮膜转子是从顶部自由悬下来的。显然，刮膜转子不能处理粘度大的物料，因为转子的底部会产生较大的震动，影响刮膜的效果，所以短程分子蒸馏设备只能处理粘度较低的物料。

　　而薄膜蒸发器恰恰能解决短程分子蒸馏设备的这种局限性，薄膜蒸发器的中心是空的，所以刮膜转子可以加底部轴承，转子的扭矩大，稳定性好，薄膜蒸发器有多的刮膜转子形式可供选择，能处理低粘度到高粘度范围的物料。